Le service est double. Il s’occupe de gérer les moyens informatiques communs (plateformes, serveurs de calcul, serveurs de stockage,...). Il propose également des analyses bio-informatiques. Nos bureaux sont situés au cinquième étage de la tour Pasteur : un bureau commun des bioinformaticiens (ingénieurs ou étudiants), un bureau avec la génomique où se trouve Erwan pour l’assistance informatique et le bureau d’Olivier Croce le responsable du service.
Le service propose :
- Des analyses de données, en particulier des données NGS (next generation sequencing)
1) Préparation des données NGS : test qualité, trimming, cohérence des échantillons (ACP, k-mers tree), mise en forme, test contamination, duplicats
2) Analyse premier niveau : liste de gènes, expression différentielle, statistiques
3) Analyse plus approfondie : étude des pathways (Kegg, Panther, IPA,..), comparaison inter-expériences, croisement avec autres sources (données publiques ou privées), etc. Participation à la rédaction d’articles.
- Des conseils ou de l’aide ponctuelle. Il peut s'agir de discussions de méthodologie sur un projet demandant de la bioinformatique, l’évaluation des moyens et des ressources nécessaires, et éventuellement une orientation vers des compétences extérieures
- La mise à disposition de comptes utilisateurs avec accès aux programmes de bioinformatique, soit commerciaux (IPA), soit open source / libres (180 logiciels disponibles !) et de l’infrastructure associée. Accès au stockage équipe et à l’Intranet de l’IRCAN.
- L'encadrement d'étudiants ou de personnels et collaboration
- Support du service (ressources, bureau – si disponible -, encadrement) pour un étudiant (Master, phD) ou CDD bioinformatique, dédié au projet de l’équipe
- Des projets internes au service. Exemples de projets actuels : étude des divergences d'analyses RNA-Seq en fonction de la référence choisie (génome ou transcriptome) ; recherche de motifs et comparaison de signatures dans jeux WGS avec développement d’un pipeline (multiCPU et GPU)
